Im Brooktorhafen und im Ericusgraben leben verschiedene Großmuschelarten, von denen die große Teich- und Schwanen- muschel (Anodonta cygnea) und die Enten-/gemeine Teich- muschel (Anodonta anatina) auf der roten Liste der vom Aussterben bedrohten Arten stehen. Die während der Bauarbeiten notwendige zeitweilige Sperrung des Magdeburger Hafens und die damit verbundene Veränderung der Strömung würden die Muscheln gefährden.
Im Rahmen des Planfeststellungsverfahren hatte sich die HOCHBAHN deshalb verpflichtet, die Muscheln "abzufischen" und in einem anderen Hafenbecken (Haaken) wieder auszusetzen. Der Gewässerökologe Hans-Joachim Krieg übernahm im Auftrag der HOCHBAHN die Umsiedlung.
Insgesamt wurden an den zwei Tagen über 200 Großmuscheln mit Hilfe von Reusen vom Elbgrund heraufgeholt.
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